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シーボルトは1823年に来日してすぐに、ヨーロッパに生きた植物を送り出すために、また、質の高い標本を作成するために出島に植物園を再建した。現在ドイツのルール大学東洋学部に保管されている"Flora Japonica"のための原稿類中に、長大な1,600種に及ぶ植物リスト（学名と和名、80頁、参：山口隆夫「シーボルトと日本の植物学」）とともに、シーボルトが在任していた1828年の出島の植物のリストとされるものが保管されている。これは、シーボルト自身と伊東圭介によるものとされ、重複したものを除くとおよそ350種の名前がカタカナと一部漢字で記載されている。以下に、長崎県立図書館にある "Botanices Fasc. no. 3. Plantarum Japonicum nomina indigena"（東洋文庫）の複写に記載されているものを原文の順で記載する。（字に判別しにくいものがある。重複有り。（ ）は原文の横または下に小さく記載されている文字。[ ]は判読困難な字）
| 出島の植物（1828年） |
| ユウダチガサ |
アカバナ |
エゾヲバコ |
| シロノセンヨウ |
ケシ |
キンバイサウ |
| ナデシコ |
アサガホ（キバナ） |
イレイセン（チョウセン） |
| センノウ |
ヒメゼリ |
タメトモカヅラ |
| メボウキ |
コ（小）アヲイ（白） |
ハルナメシ |
| ビジサウ |
サンネンナ |
ハマナ |
| タイセイ |
タイセイ |
ドウクワサン |
| ビヤウサウ |
サツマナデシコ |
ハンゴンサウ |
| フチジロシンキク |
セキチク |
パンヤ |
| ヤウカクサウ |
タケビル |
シホヤキサウ |
| カンザウダマシ |
カワゼンゴ |
センショウクワ |
| クジラグサ |
ワーレン |
カウホン |
| クマツヅラ |
ミヅヤナギ |
ゴジクワ |
| グンナイフウロ |
オニゼリ |
クサニンジン（ホリバ） |
| キキャウ |
ジウブンサウ |
ミズトラノヲ |
| シヅトラノヲ |
ヤマガラシ |
トウテイラン |
| ヤマゼリ |
クララ |
ヒメヒゴタイ |
| ナガフノワウセイ |
コアライ（ベニ） |
トウジンフトンワタ |
| オカノリ |
フジナデシコ |
クサシノブ |
| サワシヲン |
ハクサンサイコ |
ナンキンセキチク |
| ウチワグサ |
イズナデシコ |
カラスノゴマ |
| 上洲ハルナ山産 |
コマツナギ |
イヌハギ |
| ヤウラクツツジ |
ツノハシバミ |
サルゴマ |
| ハギノ類 |
フジマメ |
シラキ |
| モクゲンジュ |
ミヤマタゴボウ |
ナギナタコウジュ |
| ネマリタデ |
スズウリ |
アサガホ |
| カサモチ |
ハタケホウヅキ |
ワダン |
| ヲホギャクショク（ホソバ） |
センゴシツ |
キセワタ |
| ハマボウズ |
ミヅヒキ（和） |
サツマギク（和） |
| ハクウンボク |
ニチニチバナ |
ハナタデ |
| チクヨウサイコ |
ハマホッス |
アワフキ |
| イヌビユ（ムラサキ） |
サワタヅ |
ハマシロザ |
| ソテツ |
テンリニチ（？） |
ビロウトサウ（？） |
| チャワタ |
ワタ |
クワテイ |
| イチビ |
ケシ |
ビジンサウ |
| ヲランダイコン |
ヤニンジン |
ヤマゴンニャク |
| チゴザサ |
ハクビノ一種 |
キノスミレ |
| イシカグマ |
シモクシダ |
クサスギ |
| ナツノチャヒキグサ |
キャウオウ |
ガシウツ |
| ウドノノヨシ |
ツリバナ |
ヂキ（ヤマニンジン） |
| ハクウンボクノ一種 |
ワサミツギ |
ユキノキ |
| サワウツギ |
ハシリドコロ |
カモアフチ |
| フジカエサン |
クロウメモドキ |
シラサワギク |
| シノブヒバノ類 |
ワダン |
ハシカグサ |
| 側栢一種 |
未詳ノ木 |
ビリヤウガシ[？]一種 |
| バレンシバ |
アフヒマメ |
アワフキ（スカガラ） |
| ヒメヨシ |
ヤマボクチノ一種 |
シシヒトツバ |
| シウブンサウ |
オホミヅキ |
クロツワラ |
| ユウダチガサ |
トコナリウメ |
タマブキ |
| カラクワ |
ススビトノアシ |
ヲトコヨモギ一種 |
| ヤマタバコ |
リヤウブ |
チャルメルサウ |
| イマメ |
バイケイサウ |
ハイノキ |
| チャウジャノキ |
ヌカガラ |
ヲガタマノキ |
| スイガイ |
クバトウ（苦馬豆） |
ハラン |
| コケモモ |
ヤマ人参 |
トガザクラ |
| トンボノメ |
マツノキハダ（ホツツジ） |
ミヅラ |
| イガホウズキ |
ヤマゴマ |
ウリクサ |
| ミヅホウヅキ |
ミスホウヅキ |
アシタバ |
| ナツハゼ |
サワシヲン（タマノケシ） |
ヅダヤクシュ |
| ナンバンハコベ |
タマハギ |
マトナギ |
| ハマレンゲ |
ホドイモ |
イワガラミ |
| ムラダチ |
ボタンサウ |
ミツネ |
| タニキキャウ |
ビャウタンボク（二種アリ） |
シロハイ |
| ズキ |
スギモ（山糸花） |
アサガラ |
| ミズブキ |
オホヤマハコベ |
サワシバ |
| フジキ |
ミヅトウガラシ |
ギョクシャクワ |
| ハマナシ |
アカモノ |
シラクチ |
| サワミズキ |
スナヒキサウ |
ホカノキ |
| ヤノツメサウ |
クルマツツジ |
アワゴケ |
| ジュズネノキ |
キリツボ |
サイキ |
| ナツハゼ |
エゴ |
ヤマギ |
| サワフタギ |
キジョラン |
サンカヨウ |
| キリブキ |
チシャノキ |
シモバシラ |
| イリハサウ |
カラクワ |
フタバモグラ |
| クマヤナギ |
クロムメモドキ |
サイカシ |
| タウセンダ |
[？？？]イチゴ |
ウドカツラ |
| [シャラ？] |
ウイチゴ |
ヤマサンシャウ |
| シキントウ |
ウダイ |
タマミヅ |
| ズイナ |
ヌカガラ |
キリムシカリ |
| カラスゴマ |
ムシカリ |
デロ |
| コバンノキ |
ノギラン |
キハダ |
| イワタバコ？ |
ハマウツボ |
シラネアフイ |
| クロモ |
イワタバコ |
ミヤマトベラ |
| クロツバラ |
クロクチ |
カナビキサウ |
| ミヤマタゴボウ |
ニガキ |
イナモリサウ |
| ミヤマホウソ（水谷より） |
イソノキ |
ナベナ |
| カウモリサウ（大ナルモノ） |
セキセウモ |
イソサンセウ |
| ネコノメ |
イワボタン |
イワボタン（小ナルモノ） |
| エボシナ |
ノグルミ |
カツラ |
| ミヅタガラシ |
ヤマボタン |
マタタビ |
| チャンチン |
ススカケサタノハイ |
マルハノキ |
| カギカヅラ |
ユウレイタサ |
ウワバミサウ（クチナウジャウ） |
| サンゴジュ |
ヒナノカンザシ |
ツクバネウツギ（コツクバネ） |
| マメフジ（キフジ） |
タケニグサ |
ムレスズメ |
| カガリヒサウ |
カテンサウ |
キツネササゲ |
| バイクハツツジ |
テウジツツジ |
コバイモ |
| キキャウツツジ |
タチフウロ |
マロコノハ（出羽ビキノハロ） |
| 伊吹山産野菊一種 |
ハマナデシコ（イワナデシコ） |
シュスラン |
| 甲州アベ峠産ツリガネサウ |
テウセンアザミ |
スズムシラン |
| アギスミレ |
エゾノヲホバコ |
瓜香草 |
| ランチウシダ |
イバラ |
ヲトメサウ |
| キンカウリ |
ヒゴニタ |
ヤマゼリ |
| ガンカウラン |
センダイハギ |
ホロギク |
| ルリサウ |
タチアフイ |
ヤグルマサウ |
| ワウレンジュ（イチロベコロシ） |
ヲランダギセル |
ヲランダビユ |
| トサミズキ |
チモ（カラススゲ） |
ハマビシ |
| ウリノキ |
コアウモリサウ |
モロコシグサ |
| ヒヨンノキ（キヒヨンノキ） |
クロカンバ |
クマモチ |
| フサザクラ（タニグワ） |
ザクロサウ |
ヲホヤマフスマ |
| ミヅトラノオ |
フジウツギ |
クハクハワガユ？（俟再考） |
| レンゲシャウマ |
コクサギノ[??] |
ビランジ |
| ロクオンサウ |
シラヒゲサウ |
タウチサウ |
| セリ |
ナズナ |
コギャウ |
| タビラコ |
ホトケノザ |
スズナ |
| スズ[シロ] |
コグサギ |
ホルトガルシーノキ |
| ナツボーズ |
イツキブナノキ |
トンボラン |
| ウコギ |
トモギ |
ヨツバホーヅキ |
| シイーノキ |
ヲバリキリョーノハリノキ |
ツルデマリ |
| ツメレンゲ（大葉ノツメレンゲ） |
ゴイノキ |
タチアヲイ |
| 丁子ザクラ |
ヤマビワ |
クジン |
| ラショーモン |
タイミンガシ |
シイートギ |
| クロガネカズラ |
ミヤマカズラ |
ベニヲモト |
| イノコシバ |
ニガキ |
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| 参考文献： |
山口隆男「シーボルトと日本の植物学」Calanus, Special Number 1:, 239-410 (1997) |
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