明治２７年，勅令および文部省令によって，第五高等中学校から第五高等学校に改称された．さらに，明治３４年４月１日，各高等学校医学部は，すべて独立して医学専門学校となった．第五高等学校医学部は長崎医学専門学校となり，スタッフは校長１名，教授１３名，助教授７名，書記５名であった．明治２７年〜明治２８年の日清戦争，明治３７年〜明治３８年の日露戦争，大正３年〜大正７年の第一次世界大戦と，この時代は３度の戦争を経験し，世界経済や思想などに大きな変化が生じた時でもある．専門学校令が明治３６年２月公布され，その後整備されていくが，大正７年９月の改正では，官立医学専門学校規定は，官立医学専門学校の学科を医学科と薬学科とする，修業年限を医学科４年，薬学科３年とする， 薬学科の学科目は修身，ドイツ語，などとするとなっていた．大正６年１２月には歌人，斎藤茂吉が長崎医学専門学校教授として赴任した．長崎では大正元年１０月のコレラで１３９名が死亡し，また，大正９年にはインフルエンザが流行して， ３２８名の死者を記録した．このとき，長崎医学専門学校校長尾長守三も流感のため死亡した． 大正１０年１１月には長崎市聖徳寺において，「解剖千体祭」が行われた．明治２１年以降大正１０年までに千体の解屍が行われたことによる． この間、校舎も変遷を遂げた。第五高等中学校薬学科開設以来、もともと特別に独立した校舎はなく、医学科の中で受講していた。校舎が新築された第五高等学校から医学専門学校時代の薬学科は，３００坪程度の木造平屋建てであった。大正１２年木造２階建ての７００坪の新校舎が竣工した。
ＴＯＰ
明治２３年６月１８日，文部省令第７号によって，各地の医学部に薬学科が設置されたが，長崎の医学部は生徒定員４００名が５００名に改正され，定員１００名をもって薬学科が誕生した．この時をもって，長崎大学薬学部の創立としている．初代の薬学科主任には新制帝国大学薬学科の第１回生として卒業したばかりの５名の薬学士の１人であった池口慶三が招致された．９月には第１回入学試験が行われ，１６名の入学が許可された．当時の学期は９月１日から７月１０日までの３学期制であり，学科は英語，動植物学，鉱物学，物理学，化学，分析，生薬学，製薬学，調剤学，薬局方，体操であった．
明治２５年，第五高等中学校医学部の浦上新校舎が落成した．落成式には，辻新次，嘉納治五郎，松本良順ら多くの関係者が参列して祝った．薬学科の第１回卒業式は明治２７年３月３日医学科第５回卒業式と同時に行われ，９名が卒業した．同年４月には，村山長之助 教授の引率で武雄温泉の調査を目的とした薬学科３年生の修学旅行が行われた．武雄温泉は炭酸泉であり，成分はクロールカリウム，硫酸カリウム，クロールナトリウム，珪酸ナトリウム，重炭酸ナトリウム，重炭酸カルシウム，重炭酸マグネシウム，重炭酸亜酸化鉄，硫化水素，遊離炭酸であるとの成績を得ている．
明治２７年，勅令および文部省令によって，第五高等中学校から第五高等学校に改称された．さらに，明治３４年４月１日，各高等学校医学部は，すべて独立して医学専門学校となった．第五高等学校医学部は長崎医学専門学校となり，スタッフは校長１名，教授１３名，助教授７名，書記５名であった．明治２７年〜明治２８年の日清戦争，明治３７年〜明治３８年の日露戦争，大正３年〜大正７年の第一次世界大戦と，この時代は３度の戦争を経験し，世界経済や思想などに大きな変化が生じた時でもある．専門学校令が明治３６年２月公布され，その後整備されていくが，大正７年９月の改正では，官立医学専門学校規定は，官立医学専門学校の学科を医学科と薬学科とする，修業年限を医学科４年，薬学科３年とする， 薬学科の学科目は修身，ドイツ語，などとするとなっていた．大正６年１２月には歌人，斎藤茂吉が長崎医学専門学校教授として赴任した．長崎では大正元年１０月のコレラで１３９名が死亡し，また，大正９年にはインフルエンザが流行して， ３２８名の死者を記録した．このとき，長崎医学専門学校校長尾長守三も流感のため死亡した． 大正１０年１１月には長崎市聖徳寺において，「解剖千体祭」が行われた．明治２１年以降大正１０年までに千体の解屍が行われたことによる． この間、校舎も変遷を遂げた。第五高等中学校薬学科開設以来、もともと特別に独立した校舎はなく、医学科の中で受講していた。校舎が新築された第五高等学校から医学専門学校時代の薬学科は，３００坪程度の木造平屋建てであった。大正１２年木造２階建ての７００坪の新校舎が竣工した。
新制長崎大学薬学部の第一回入学生は４５名で，昭和２４年８月２５日の入学となった．初代学部長は川上教授であった．教養課程は大村校舎（元長崎師範女子部）と長崎校舎（元長崎経済専門学校の一部）に分断されていたが，昭和２５年５月専門課程に入るに際して，長崎市西山の経済学部の教室を一部貸与してもらい，ここに専門課程が発足した．その後，昭和町の旧師範学校男子部の校舎を修復し，２６年４月完了とともに，西山から移転した．さらに，昭和４４年５月に文教町にある現薬学部校舎が竣工し，この地に移転し現在に至っている．
この間，昭和３１年には専攻科が設置され，昭和４０年４月には大学院薬学研究科（修士課程）が設置された．さらに，昭和４２年４月から従来の薬学科の他に製薬化学科が増設され２学科８０名となり， 昭和６１年には博士課程の医療薬科学専攻が設置された．また，博士課程の設置により，２学科１３講座の薬学部を大講座制に改組し，薬科学１専攻，４大講座とした． 平成２年（１９９０）６月１８日には，創立百周年を迎え，１１月１７日盛大な記念式典が挙行されるとともに，長崎大学薬学部百年史が刊行された．また，これを記念して集められた寄附金により，百周年記念館が建設され，その名称を応募の結果，薬学部の校章に因んで「柏葉会館」と命名された．